醫院系統的潔凈室最先用于手術(shù)室，也就是我們現在所說(shuō)的醫院手術(shù)室凈化工程。開(kāi)始它只是在矯形手術(shù)中獲得廣泛應用,因為矯形手術(shù)時(shí)間較長(cháng),易于引起感染?？刂扑捷^理想的是使用手術(shù)臺附近的空氣潔凈度達到100級。一般建議使用頂部高效空氣過(guò)濾系統,它能覆蓋至少3m×3m的面積,從而將手術(shù)臺和人包括在內。

醫療潔凈室獲得應用的其它領(lǐng)域有分娩室、保育室、燒傷室、心臟病人護理單元等。最新進(jìn)展之一是牙外科手術(shù)潔凈室的應用,它降低了在長(cháng)期手術(shù)過(guò)程中醫務(wù)人員被感染的危險

 潔凈室作為醫院重要的功能分區之一，其工程質(zhì)量直接影響到醫院的使用和對患者的治療。要提高醫院潔凈室的工程質(zhì)量，必須從設計、施工和維護三方面同時(shí)重視。

醫院應用潔凈環(huán)境最廣泛的潔凈手術(shù)室，是用空氣潔凈技術(shù)取代傳統的紫外線(xiàn)等手段對全過(guò)程實(shí)行污染控制的現代手術(shù)室。在潔凈手術(shù)室內，患者感染率可降低 10 倍以上，從而可以少用或不用會(huì )傷害患者免疫系統的抗生素。既要無(wú)塵又要無(wú)菌是潔凈手術(shù)室的特點(diǎn)。 

醫院潔凈室包括手術(shù)室、產(chǎn)科、嬰幼兒病房(NICU)、ICU(重癥監護室)、燒傷病房及解剖室、凈化實(shí)驗室、人工透析室、標本室等，其工程質(zhì)量與醫療質(zhì)量有著(zhù)直接而重要的關(guān)系。